在世界頂尖偵探學校·青藍被譽為天才的鴨乃橋論，因患上某個致命“缺陷”，被剝奪了成為偵探的資格。在度過一段懷才不遇的歲月后，與警視廳搜查一課的一色都都丸——外號“都都”的相遇，極大改變了他的命運。論負責解謎，都都負責偵查，他們接連偵破疑難案件，逐漸成為了名搭檔。青藍內部也有論的理解者在兩眼發光地關注著他的動向。其中一人就是校長艾梅利希。她告訴論，導致他被開除的“染血實習案”是一個圈套。其幕后主使，是制造了眾多懸案的“史上最兇惡的犯罪一族”——M家，家主名叫麥羅·莫里亞蒂。為了給予論更大的絕望，麥羅將妹妹·溫特派往了日本。論與麥羅之間究竟有何恩怨？