七歲的瑪雅（金井美香 配音）非常調皮，這讓瑪雅的媽媽（麻上洋子 配音）感到十分頭痛，于是，她找到了村里有名的魔法師，向他討教良方。魔法師給了瑪雅的媽媽一本名為《拇指姑娘》的故事書，在給瑪雅念這本書時，瑪雅的媽媽睡著了，瑪雅也因此變成了拇指大小，進入了書中的世界。 在這里，瑪雅遇見了名為席拉（宗形智子 配音）的善良仙女，席拉告訴瑪雅，在南國住著一位水晶王子，只有他才能喚醒瑪雅的媽媽，使瑪雅回到原來的世界。就這樣，瑪雅踏上了前往南國的旅途。途中，瑪雅遇見了小精靈布爾（山田恭子 配音），兩人結伴而行，隨后，青蛙蓋洛達也加入了瑪雅的隊伍中去，對他們時時阻撓的，是一個名叫赫魯拉（麻上洋子 配音）的邪惡魔鬼。