故事的舞臺是在戰爭中被破壞的基地殖民地、飄蕩著大量戰艦的殘骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是對ZEON公國要塞“A Bao A Qu”的補給道路，為了奪回宙域，地球連邦軍和ZEON公國展開了激烈的戰斗。地球連邦軍的伊奧·弗萊明少尉等人乘坐GM204F，潛入Thunderbolt宙域，向狙擊手發起了挑戰。