魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。 魔法師を育成する國立魔法大學付屬第一高校、通稱“魔法科高校”に二人の兄妹が入學した。 一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄?達也。 もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹?深雪。 時に戀人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、ほんの數年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。 その関係が変わった背景には、ある出來事があった。 三年前の沖縄。 深雪にとって忘れられない出來事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。 シリーズ累計2000萬部を突破したスクールマギクスの始まりの物語《追憶編》が幕を開ける。