進入21世紀已有近20年，在人們已忘記了妖怪存在的現代。 科學無法解明的現象頻發，流言飛語散布各處，大人們只能疲于奔命。 希望想辦法解決這一情況而寫信給妖怪信箱的13歲少女·真奈的面前， 隨著咔噠咔噠的木屐響聲，鬼太郎來到了…。