明治時代，隨著文明開化及迅速西化，使得日本進入前所未有的改革期。 無法接受這種變化的人、及對于新政府有所不滿的人因此犯下罪過。而囚禁這些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨樹監獄！以作為擺渡人，代代供奉大蛇的陰天神社三兄弟為中心，各式各樣的現實與未解之謎交錯，瀟灑奢華的故事終于揭開序幕。