這個星球上生活著不可思議的生物神奇寶貝?，F在開始講述少年小智和神奇寶貝們的相遇、冒險和戰斗經歷的故事。 在結束了在成都地區的旅行后 小智只帶上了他最先獲得的神奇寶貝——皮卡丘 來到了芳緣地方。但是在到芳緣地方的途中，皮卡丘被火箭隊的攻擊變得異常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遙，永遠支持著小智的小剛，以及小遙的弟弟小勝，一起在芳緣地方，以及到對戰開拓區旅行