游城十代在前往決斗學院實技測驗的途中，偶遇了傳說中的決斗者武藤游戲，并從他手中獲得一張幸運卡“天使小精靈”。與此同時，一個名為七星的神秘團體出現了，它的目的是奪取被封印在決斗學院地底遺跡中擁有毀滅世界力量的三幻魔。 游城十代及大德寺老師等人被選為遺跡的守護者，與七星展開了黑暗決斗。后來眾人意外發現大德寺老師也是七星的成員之一，十代打敗大德寺老師，徹底挫敗了七星的陰謀，并得到賢者之石的卡片。 三幻魔事件結束后，原來的伙伴們相繼離開決斗學院，一眾新生入學。游城十代受到“光之波動”的影響，無法進行卡牌決斗。之后，游城十代遇到了來自新空間的使者，找回了對決斗的熱忱與興致。 不久后，前往童實野町畢業旅行的十代一行人，被強迫接受齋王美壽知的考驗，并得知了“光之波動”的真相。回到決斗學院后，鮫島校長宣布新世代大賽開幕。這場原本只是讓學生和職業決斗者交流，進而提升決斗能力的活動，卻意外成了關系到地球存亡的事件。在最后的對決中，十代向齋王挑戰，成功打敗被“破滅之光”操控的齋王，拯救了世界。