主人公游城十代在前往決斗學院的入學考試途中，與傳說的決斗者武藤游戲相遇，并接受了武藤游戲的一張卡片。但是十代最終遲到并錯過了考試。為此十代懇求克洛諾斯教授讓他通過考試，并由此展開了決斗者之路。